ご返事が遅れました。

さて、お問い合わせの件ですがアンインストールしたアプリも対象になると思います。

「cipher」コマンドの適用範囲ですが、大まかに言うとOSやExcel等の使用中領域には適用はされず、未使用領域に対してのみ適用されると言う事です。

もう少し具体的に言いますとゴミ箱に限らず、アンインストールされたアプリは、その保存場所などを記録する管理領域に削除ファイルを表すインデックスが付けられ表面的には場所が特定されなくなり、未使用領域となるため暗号化対象になると思われます。

又、Cドライブを取り外ししないでPC内の全データ(OSを含む)の完全削除には、Windows標準の「PCの初期化」がありますが、これは専用ソフトを使えば復元可能なため推奨出来ません。

一番確実なのは「DISKPART」から「clean all」と言うコマンドを実行するものです。
それには、ブート可能なUSBフラッシュドライブの作成が必要ですが、その理由はUSBドライブから起動する事で、内臓のCドライブを解放し、外付けのディスク扱いとして完全消去(OSも含む)すると言うものです。

その作成と「clean all」コマンド実行についての解説は、下記YouTubeなどが分かり易いと思いますので、参考になさってください。そんなに難しい手順ではありません。

後藤PC塾
https://www.youtube.com/watch?v=xlJ2gleY1uM
07:53からdiskpart紹介

以上の事柄につきましては、ご自身の責任の範囲内で実行されるようお願いいたします。

こちらこそ、ありがとうございました。

コメントを頂きありがとうございます。

このコマンドは、未使用領域に暗号化数値を書き込むものなので、OSやProgramファイルなど、使用領域には書き込みが行われませんので注意が必要です。

もし、OSを残して処分されたいのであれば、アカウントはWindowsの設定から削除しておく必要があります。
その上で、再度cipherコマンドを実行されてはいかがでしょうか。

お話の様子だと、OSも含めて完全消去されたいようなので、記事内の2番目の方法がよろしいかと思います。

記事冒頭の「同様の方法で、HDDを取り出した場合で、これを別ドライブにしてOSごと完全消去抹消する方法」の文章の意味が少々分かりにくい表現で申し訳ありませんでしたが、OSごと完全消去するには「別のパソコンに取り外したHDD(SSD)を繋いで、その完全消去したいHDD(SSD)にcipherコマンドをかける」と言うものです。

具体的には
①OSの入ったHDD或いはSSDを取り外します。

②これを内蔵型HDD(SSD)用外付けケースに入れて、別のパソコンに接続します。
そうしないと、cipherコマンドが実行出来ませんからね。

③②のOSの入ったHDD(SSD)をNTFSファイルシステムで一旦フォーマットします。
これは、即ち未使用領域を作ったと言う事になり、cipherコマンドが活きます。

④コマンドプロンプトを起動して「cipher /w:該当ドライブ名」を実行します。

以上で、ローカルアカウント、Microsoftアカウントどころか、HDD(SSD)にあるOSと全ての箇所が完璧に暗号書き込みされ、二度と読み出し不可能となります。

記事を見て頂き、こちらこそありがとうございます。